课程设置可以体现出一个学院的培养方案是否合理。为满足社会经济发展需求，清华大学企业家总裁班课程强调整合性和决策导向，强调密切联系实际和面向国际竞争环境。清华大学企业家总裁班课程设置的基本原则是在遵循企业家总裁班培养的一般规律并保持区域特色的基础上，充分结合本土企业的管理实践，力求体现本校优势学科特色。本校企业家总裁班课程分为必修课和选修课两个模块。
必修课包括：社会主义经济理论与实践、商务英语与沟通。
核心课包括：会计学(或财务报表分析)、公司财务管理、战略管理、管理经济学、组织行为学、企业社会责任与商业伦理、数据模型与决策、营销管理、人力资源管理、领导学等，此部分课程至少修6门。
选修课主要有：项目管理、运营管理、技术创新管理、创新与变革管理、知识管理、危机管理、风险管理、项企业研究方法、管理沟通与谈判、商业伦理、目投资与融资决策、商法、国际金融、企业政策、公司治理、商业模式等。
以上所有课程至少要选择16项，且课内总学时不得少于500学时，学员可根据自身需求及社会、经济发展适当调整选修课程。另外需要注意的是，要想获得进行论文开题论证的资格，至少要修满20学分。